天海夕陽、高校２年生。 　彼はある時思い立ち、目的の不明瞭な部活動――真理探求部を設立する。 　そこに集ったのは癖しかない４人の後輩。 　好奇心の権化、羽狩輪廻。 　痴女系アイドル、星宮短冊。 　白亜の眠り姫、音無禊。 　風紀の守護者、神代破魔矢。 　彼女達との邂逅を経て、自堕落なだけだった高校生活が今、変革の時を迎える。 　それぞれの青春の意味を、彼らは見つけることができるのだろうか。 　青春群像劇風ラブコメディー、開幕。

　葵蒼汰は自分を普通の人間だと思っていた。 　そう、アイソドシンクという、矛盾の神に会うまでは。 　少女の姿をしたその神は、自らを称して言う。 　『概念の具現化、事象の可視化、理の権化』と。 　つまりは概念そのものなのだと、言う。 　だが葵蒼汰という人間にはそんなことはどうでもよかった。 　その少女が人間だろうが神だろうが悪魔だろうが化け物だろうが、問題ない。 　問題なのは、そいつが可愛い妹を殺そうとしていることだ。 　妹？ 　だが矛盾の神は、さらに言うのだ。 『“これ”はあなたの妹ではありませんよ、人間さん』と。 　そして蒼汰は知ることになる。 　人知れずこの世に生まれた、概念の具現《核神(コンセプター)》達の存在を。 　そしてもう、普通の日常には戻れないということを。 　存在の価値を巡る物語が、今始まる――。 『あなたは“世界の始まりの矛盾”を知っていますか？』

春、仕事に忙殺されていた庚陽介(かのえようすけ)は風邪でダウンしてしまう。 欠勤を余儀なくされた陽介はベッドに伏せっていたのだが、目を覚ますと何かがおかしいことに気付く。 同居者の居ない1LDK。 看病してくれる人など居ないはず。 だが陽介の額には確かに、冷たく絞られたタオルが乗せられていたのだった。