ナニカに侵略され、それを境に在り方が変わったとある世界。 魔法や科学が反映しており、共存していて、人間以外の種族もたくさん住んでいる世界。 そんな世界のとある町『ラピスラズリ』の瑠璃学園に通う主人公。 そしてその主人公に巻き込まれる三人の友人たち。 そんな彼らが、世界の秘密へ迫る物語。