暗殺を専門とするエルズベリー暗殺事務所を営むダリル・エルズベリーとシェリー・コールは世界で最も優秀なアサシンとして名を馳せていた。 　多くの依頼が彼等の元へは寄せられるが、全てを殺すわけでは無い。知る人ぞ知る合言葉を言えた者だけが彼等を雇い、暗殺を依頼することが出来るのだ。 　最強無双の幻術魔法使いダリルと認識した人間の位置を特定し、位置特定魔法と死体の完全処理魔法を扱うシェリーは今日も依頼が来ない事を祈りながら、電話を取る。

とある研究所で生まれた人造人間99号は祖国の戦争敗戦による侵略によって研究所ごと処分されてしまう運命にあった。しかし研究所に所属していた女性は兵隊の攻撃から99号を庇う。目覚めた99号は兵隊を薙ぎ払い、女性に駆け寄る。女性は意識朦朧としながらも99号に自らの名前リンダ・マーシュを授け、更なる追手から逃げるように命令する。 　それから長い時が経ち、右腕が欠けた状態で99号は目を覚ます。周囲に追手は無く、広い樹海が広がるばかり。危機感から逃走を続ける99号だったが、魔物に襲われたところを近郊の村の猟師に救われる。 　猟師の勧めで王都に辿り着いたリンダは、既に研究所は閉鎖され、教科書に載っていると知る。その後、王から研究所の詳細を知ったリンダは、女性の子孫を探す為、魔物を討伐する討伐者として働いていく。