ミリタリーオタクの高校生、小畑裕二が目覚めたのは、赤レンガの建物が立ち並ぶ見知らぬ場所。そこで裕二が見たのは、かつて戦争で失われたはずだった軍艦の数々と、海軍の軍服をまとった少女たち。そこは、80年前の日本と似ていながら、女性だけが軍になれる異世界だった！ 　そんな世界へ転移した裕二は、持ち前のミリタリーの知識を見込まれ、海軍士官を養成するための軍学校、『女子海軍兵学校』へ編入するこに。しかし裕二が配属されたのは、落第寸前の問題児ばかりを集めた落ちこぼれクラスだった！ 　ミリオタ高校生と落ちこぼれ少女が送る軍学校ライフが、いま始まる！ ※現在、本作(旧、自衛官志望だったミリオタ高校生が、異世界の軍学校で主席を目指して見た件)の改訂作業を進めております。大まかな設定はそのままに、ストーリー、人物名が変更になる部分が多々あります。

　1939年。日本海軍では新型高性能潜水艦の建造計画が持ち上がる。技術担当の酒井中佐はその高すぎる要求に頭を抱えてしまう。そんな中、発明家の有岡安治郎から、新型機関の提案が送られてくる。半信半疑でその見学に向かった酒井中佐を待っていたのは…魔法を操る一人の少女だった！ 　少女は彼の目の前で例の新型機関、通称「チャンツエンジン」を魔法力で動かし始め、素晴らしい性能を発揮したのである。酒井中佐はその性能に驚愕するが、この機関には大きな制約があった。それは”機関を扱えるのは十代の女性のみ”というものであった。 　1941年夏、女学校に通う女学生、下田アリサはある募集の張り紙を見かける。それは「事務作業のため十代の女性を募集する」という海軍が作成したものだった。学費に困っていた彼女は夏休みの間だけでもやってみようと海軍を訪れる。そこではなぜか体力試験や視力、聴力の検査、そして謎の装置による調査が行われる。その結果、彼女は他の応募者を差し置いて合格することができたのだ。しかし彼女を待っていたのは、新型潜水艦「イ-99」への乗組命令だった。 　地獄の太平洋戦線を舞台に、「ブラックスペア」と恐れられた少女の潜水艦は、果たして生き残ることができるのか！？彼女たちの戦いが、いま始まる！

ある日、日常は突然終わりを告げた。 突如日本に侵攻してきた武装集団により、僕の街は蹂躙された。 僕は逃げた。恐怖から、死への恐怖から逃げた。臆病者と言われ続けた僕には、それしかできなかった。 でも、うずくまり、身動き一つしないひとりの女子生徒を見つけた時、なぜか僕は彼女を助けた。無意識に体が動き、自分のことしか考えられなかったはずの僕が、赤の他人の彼女を助けた。 そして、気付いた時。 戦場には、僕と彼女の二人だけがとり残された。

十代の少年少女達が国防を担うようになった世界。 初陣の真珠湾攻撃を皮切りに、各戦線で勝利を挙げていた、帝国海軍最新鋭の空母「瑞鶴」(ずいかく)。 世界最高の艦、航空機、搭乗員を集めた「瑞鶴」は向かう所敵なしであった。 しかし、次に補充されてきた搭乗員は、とんでもない「ド素人」だった！ これは、一人の戦闘機乗りが、世界最強の部隊と共に辿った、戦いの物語である。