体内に特殊な共生細菌を宿し異能を発揮する鬼族と人類が共存する日本。鬼族の都、京都にある城郭都市、鬼士院に留学してきたシュンカは、そこで不思議な少年少女、ユウトとミムラに出会う。 「寒い国」からやったきたというどこか他と違う雰囲気をまとう二人。シュンカは二人の「探し物」を手伝うことに。二人と接するうちにシュンカは二人の不思議な戦いに巻き込まれていく。

体内に鬼虫と呼ばれる共生細菌を飼い、特殊な能力を発揮する鬼人と人が共存する日本。鬼人である紫龍正雪城太郎と一野京は京にある鬼士院を目指していた。鬼類の総本山であり、鬼道に関する全てを統べる鬼人結社、自治を認められた小さな城郭都市である鬼士院で、軍から鬼士院に出向中の若い武官が殺された。殺したのは邪血病患者であるという。邪血病は体内の鬼虫が暴走し鬼人を邪鬼と呼ばれる巨大なモンスターに変えてしまうのだ。鬼士院に到着した城太郎と京は鬼士院にいる師匠から邪鬼の探索を依頼される。

　清村刀真は周囲の下馬評を裏切る形で見事、地元の名門公立高校に合格したばかりの高校一年生。刀真は入学早々、一風変わったクラスメイトと知り合う事になる。入学式にも姿を見せず、眼帯で右目を覆った少女、四十崎二三（あいざき　ふみ）。ちょっとした勘違いから刀真は二三と一緒に、生徒事案相談調整委員、通称探偵係に立候補させられるはめになる。 　生まれつき右目に備わった不思議な力のせいで周囲から疎外されてきた二三は人とコミュニケーションを取るのが極度に苦手な不登校児。二三は刀真も自分と同じ異能者の仲間であり「異能力をスルーしてしまう異能の持ち主」だと告げる。刀真は「邪眼を持つ」と噂され周囲から避けられている二三をサポートすることとになる。

　鬼の住まう国日本。ここには鬼虫と呼ばれる特殊な共生細菌を体内に飼い、超常の力を発揮する鬼士と呼ばれる人々がいた。 　詩苑流鬼道場に身を寄せながら日々修行に励む少年、怜門龍彦。龍彦は道場での親代わりでもある湯沢夫婦や、道場の先輩である天才女流鬼士久尾志乃たちに見守られながら自身の体に潜む鬼虫が目覚める日を待ちわびていた。