旅の途中で魔物に襲われ両親を亡くした洸太(こうた）は龍神に助けられ龍の祠で育てられる。三年後十一歳になった時、神官の更新に来た八代緋色(やしろひいろ）の下で神官見習いとなる。そんな中、緋色の契約者で水の精霊水無月霞(みなづきかすみ）の妹時雨(しぐれ）との出会いと、とある事件が洸太のその後の運命を大きく変える。戦争が始まり洸太は身体を壊した緋色の代わりに霞と仮契約を交わし参戦する。戦時中セイレーン軍の生物兵器との戦いをきっかけに月夜の災厄と呼ばれ、敵味方問わず命を狙われ戦争終焉の地で命を落としたはずだった。謎の二人組によって百五十年後に目覚めた洸太は、ミスミたちの助けを借りコータ＝ヤシロとして、すっかり様変わりした新世界で唯一の人間として隠棲をしながら時雨を探し始める。自分が残された意味を知るために。
