ヒトとアヤカシが共存する都市《裏東京》。その《裏東京》の中央区に妹と二人で暮らしている水無瀬ルナは、ある日幼馴染の少女に連れられてイケメンのウェイターがいる喫茶店『ソラ』を訪れた。 「キミ、ずっと悩んでることがあるでしょ」 ウェイターの総魔透にそう問われた日から、ルナは自分の悩みを解消するためにヒトとアヤカシ、《裏東京》と『ソラ』に深く関わっていくことになる――。

人は死ぬと牡丹の形をした花を落とす。 その花は墓譚と呼ばれ、真ん中には魂が、花びらには人が生まれてから死ぬまでの出来事が記されているそうだーー。 これは、墓譚の解析を生業にする青年と、その手伝いをする少年の物語。