千支（せんし）高校に通う　織部　鼠久（おりべ　そきゅう）はある日、幼馴染の来未　未来（きひつじ　みく）と共に未来の祖父が所有している山に向かう。 そこには守り神を祀っている祠があるのだが……。

両親を持たない孤児 クライ＝ネワが住むドヴォルザークでは機械と人間が共存する国であった そこで普遍的な生活を送って居たネワだったが、ある日ドヴォルザークが非日常に沈む。 そこで出会ったカレカノ＝カノンと共にドヴォルザークに何が起こったのか。そしてそれを実行したのは誰なのかを突き止めていく。