アキバが未だ萌え出す前の秋葉原だった時代。秋葉原に発現した時空断層＂リアルの裂け目＂の影響でスーパーヒロインに覚醒した腐女子達と秋葉原のヲタクのboy meets girlの物語が続きます。 アキバの地下で進む、謎の組織による＂エスパー狩り＂に怯える腐女子達。ミレニアムの頃に発見された変死体に残された光る手形から、自分達スーパーヒロイン出生の秘密を明かす手がかりが、池袋の乙女ロードにある児童公園のトンネルにあるコトを突き止めます。 池袋に向かう主人公らはトンネル内に秘密の部屋を発見しますが、後を追う万世橋警察署の敏腕警部は、秋葉原メイド協会のカウンセラーを名乗るメイドに襲われ、気を失ってしまうのでした。 次作に続きます(2話完結)。

スーパーヒロインが出生の秘密をつづった日記が行方不明に！秋葉原の地下で謎の組織による＂エスパー狩り＂が行われる中、スーパーヒロイン情報満載の日記をめぐってヒロイン、ヲタク、万世橋警察署、謎の組織などが入り乱れての捜索劇が展開されます。乙女の日記を盗んだのは…乙女の同僚メイドなのでした。

アキバが秋葉原だった頃の物語です。突然開いた＂リアルの裂け目＂の影響で腐女子のスーパーヒロイン化が多発、当局は地下でヒロイン狩りを始めます。主人公らは＂覚醒＂した事実を記したブログを何者かに盗まれます。情報を察知した当局も加わり、秋葉原中がブログ探しに狂奔しますが、最後は身近な者から見つかるのでした。

秋葉原に開いた＂リアルの裂け目＂の影響で、腐女子が超能力に目覚めスーパーヒロイン化が多発！超能力を得た女子と得ざる女子との間に軋轢が発生。密かに地下でエスパー狩りを進める警察は、女子友情の亀裂を利用しようとしますが＂ヲタ友＂の絆は、ソレを跳ね返すのでした。

＂覚醒＂したエスパーを狩る秘密組織の存在が浮上、スーパーヒロイン化した腐女子達は恐怖に怯えます。一方、秘密組織は警察とも対立、秋葉原は混沌とした様相を見せます。腐女子達の絆を断ち切ろうとする警察は切り崩しを図りますが＂腐女子の友情＂の前に目論見は失敗するのでした。

世界的メガヒットとなったSF怪獣映画＂メカゴジラ -2.5＂が秋葉原に凱旋。そのコンセプトカフェで働くミユリはインバウンド同士の喧嘩に巻き込まれ、音波銃で撃たれる。ソコに現れた国民的SF作家のテリィは不思議なパワーで彼女の傷を癒すが、ソレはミユリの恋の駆け引きの始まり。テリィは、ミユリと運命の出逢いを果たしたと錯覚し、ミユリは秋葉原で最良のTO(トップヲタク)をゲットする…コレは、ミユリ＆テリィの出逢いの物語。アキバが未だ秋葉原だった頃＂覚醒＂したばかりのスーパーヒロインとヲタクが織りなす青春群像の幕が開く。

秋葉原で人気の地下アイドルとヲタクの恋愛リアリティショー＂ヲタ芸バトル＂の最中に、番組降板寸前だった地下アイドルが殺されます。捜査線上に浮かぶ推しとヲタクの疑似恋愛模様。しかし、犯人は莫大な遺産に目がくらんだ管財人なのでした。

SFスーツのコスプレイヤーに、赤頭巾、白雪姫、眠り姫…お伽話のガジェットを重ねて殺す連続殺人鬼が出没、秋葉原に戦慄が走ります。捜査線上に浮かぶ昔のコスプレパーティ。その夜に起きた轢き逃げ事件の秘密を知る者が犠牲者ばかりと判明スル時、真犯人はドライバーと断定されるのでした。

PART1で車ごと神田リバーに突き落とされた主人公は辛くも脱出に成功。妄想ドミノ理論に基づく捜査を進めますが、ドミノの末に第2.5次世界大戦を引き起こす幼女の存在が明らかに。幼女暗殺により世界大戦を願う勢力との激烈な暗闘の末、世界は救われるのでした。

地下アイドル通りの路地裏で、スーパーヒロインが雑居ビルの窓から落ちて死亡します。彼女は秋葉原CIAのエージェントで、第2.5次世界大戦を引き起こし、世界経済を破綻させようと企む人物を本部に移送中なのでした。世界大戦を食い止めるため、秋葉原で必死の犯人探しが始まりますが、主人公らを乗せた覆面パトカーは神田リバーに落とされて… (PART2に続きます)