異星人に侵略された近未来の地球。対異星人用に開発された人型ロボット兵器のパイロット・関雅也は作戦中に巨大異星人と遭遇し、重傷を負う。今際の際に亡き妹の声を聞いた彼が目覚めたのは、漆黒の機動兵器の操縦席の中。圧倒的な力を持つ『死神』の操縦者となった彼の肉体は、か弱い妹のものになっていた。一方、彼の幼馴染、佐野結莉亜は軍に囚われ、人体実験の献体となる。『死神』に囚われた妹の魂と幼馴染を助けるため、雅也は戦う。