未だ謎に包まれた永久機関であるエニグマの暴走によって、かつて日本は那々桐(ななきり)を中心として東の十六夜(いざよい)、西の樺楽(からく)、南の遠嶽(とおがく)と、北の延(のべ)の五つに大陸を分断され、国内では次々と異能力に目覚める者たちが現れ始める。
そんな那々桐で暗躍する異能力殺し屋集団、ブラックインパルスに所属する主人公の無気力なアラサーこと九頭州源之助(くずすげんのすけ)は、ひょんなことから一人の魔術師を名乗る少女との邂逅を果たす。
告げられる世界の終わり、渦巻く陰謀、何が悪で何が正義なのか？
那々桐を中心に巻き起こる様々な危機に今、殺し屋たちが立ち上がる。
