西暦１３０１年、西方世界｜《エウロパ》。魔女たちの宣戦布告から、３年が過ぎていた。 　教会の組織はまだ残存、そして王や諸侯たちも、いまだそれぞれの領地にあった。だがそんな表面上の平穏さとは裏腹に、この世界は徐々に魔女たちのものになりつつあった。圧倒的な力を持つ魔女たちは、気ままに現れては人々を蹂躙、人間社会の秩序を蝕んでいたのだ。 　とはいえ、人間たちもやられているばかりではなかった。卓越した技や知恵を駆使して、強大な魔女に敢然と立ち向かう戦士が、各地に出現していた。人々は彼らを“魔女を狩るもの｜《ヘクセン・イェーガー》”と呼んだ。 　今、山深い小さな領主国に、二人組のイェーガーが訪れていた。破戒僧ベルナール、そして異形の少年剣士クロウである。新たな戦いが、始まろうとしていた。

　どこにでもあるような中学校。退屈で平凡な儀式だったはずの朝礼は、登壇した新任教師の話で一変した。「たいへん重い障害を持って生まれてきた」彼の言葉とは……