世界に突如現れた『黒魔女』。黒魔女は未知なる力である魔法や魔術を操り、悪魔の軍隊と共に人類に攻撃を始めた。これに対し人類は一丸となり対抗した。 黒魔女と人類の戦争が始まったのだ。 長きに渡る戦争は常に人類の劣勢だった。しかし人類が滅亡の危機に瀕した時、突如人類の味方として現れたのは『白魔女』であった。白魔女と共に人類は黒魔女を倒し見事戦争に勝利した。13年間に渡るこの戦いは〈魔女大戦〉と記された。 しかし、人類は勝利したものの黒魔女が遺した遺産がその後の人類を苦しめていったのだ。そこで人類は 〈世界政府〉を設立させた。 そこから23年後の世界。 魔法がすっかり浸透した時代に1人の少年、林真 清(はやしま せい)。彼は世界政府直属の〈世界魔法魔術士育成機関 第3部高等学校〉に入学することになる。しかし、魔法技術も人並み以下で全てに対して凡人止まりな彼はこの世界で何を見るのか。