2070年、自分たちが生きている世界が仮想世界だと知った人類は仮想世界からの脱出を模索するが誰一人として脱出できなかった。国連公認の武装組織、『パンドラの箱』に名を連ねていた郷崎　憐もその一人だった。そんななか、潜入していた国立魔術師育成学園で能力、この世界ではスキルと呼ばれる力を持ったカトレアと本末　徹也に出会った。 　三人で行動を共にする中、突如として遺跡が世界各地に出現し学園の敷地内にも出現した。その数ヶ月後、上部数層までの安全が確保されたため生徒たちは教育実習の一環として遺跡に足を踏み入れる。しかし、遺跡内部での崩落や敵襲によって、部隊とはぐれた憐とカトレアは二人で遺跡の奥へと足を進めるが突如カトレアの能力が暴走し、憐に襲い掛かった。 　暴走が収まったカトレアから彼女の持つ能力を告白する。そして憐もある事実を告白した、自分はこの仮想世界の人間はなく外部から来た人間であり、そしてこの世界から脱出する方法はあると。その二人となんとか合流した三人は裏組織の能力者との戦い、からくも勝利する。 　だが、徹也の能力は呪いに近いものであり、暴走し、破壊の限りを尽くそうとするが管理者の手で気絶させられる。管理者が実在することと常に監視されていることを改めて実感したカトレアと徹也はこの世界から脱出するため自分たちの能力を制御しようと努力する一方、憐は現状の自分がいかに非力であるかを思い知らされた。