主人公の「月島 夜月」は子供の頃、悪精霊によって、妹の「林檎」以外の家族が殺された。 夜月と林檎は悪精霊から逃げることができたが、帰るあてもなく路頭にくれているとある家族に拾われた。 ある日少年は、、精霊使いを育成する学園があることを知り、悪精霊を殺すために、そこに入学を決意した。 少年は学園の仲間たちと一緒に悪精霊を殺す（滅ぼす）ことができるのでしょうか？