目が覚めた、その場所は「戦場」だった。 　学生であったあの頃から、数年後の世界。 　《大災害》と呼ばれる事件を機に、世界は《結晶獣》という異生物の闊歩する苛酷なものへと変容していた。 　『桐島正人』中尉は、異能力者《制有者》として軍隊に所属していたが、記憶喪失を理由に現隊を離れ、代わりに司令直轄の部隊に配属される。 　制有者を狙った連続誘拐事件。新種の結晶獣の存在。 　調査を続けていくうちに結晶獣を神の使いと信仰する宗教団体に辿り着く。 　大災害で一体何が起きていたのか。結晶獣は本当に人類の敵なのか。 　後輩である『桜美琴』少尉と共に見る、その世界の果ては――。