突然光に包まれて，俺たちは「特異性」に目覚めた。 　人を超越した能力，「特異性」に目覚めた中学生２０２人，特異性とともに現れ，生命体を「特異獣」に変える「特異因子」，国の為，秘密裏に特異獣を抹殺しようと試みる政府。生き残る為，政府と手を組んだ少年少女は，「対特異性特異武装部隊・Under The Class」となり，命を賭して敵を討つ。

両親を殺された少年クリス。殺し屋の男セオドア。復讐を果たすためセオドアのもとで暮らすこととなったクリスは、ＮＹの裏世界で過去を持つ仲間たちと出会い、成長していく。しかし、セオドアの過去が暴かれるにつれ、クリスたちは苛酷な戦いに巻き込まれていく。 少年は巡り会う数奇な運命の中で、仲間たちと共に、何を得て、何を護るのか。 「私は皆に死を運ぶ。まるでファーザー・タイムのように。」

何気ない日常、何気ない学校生活、何気ない恋愛。オレンジ・ラインのあの電車と学生たちのいつも通りの物語。

恋人の復讐を果たしたい百合人、骨を求める凜也、己の目的のために『能力』を武器に闘う、人間の物語。

争い無き世界を目指し、完全にひとつとなった世界。反乱軍となった元兵士は、この世界の真実を知る。戦うことを誓った兵士に訪れるのは、数多の出会い、別れ、闘い。 守るべきものを探す旅、そこに彼らは何を見いだすか。