戦火飛び交うこの時代、首都圏要塞化計画が秘密裏に行われる中、そんなことは何も知らず平凡な学生生活を送る涼晴（スズハル）シュウヤ。ある夏の花火大会のこと、シュウヤは知らぬ間に恋焦がれていた橘（タチバナ）ミハルに告白を試みる。その直後に起こった都庁爆破事件、それに便乗して立て続けに起こったテロ事件。その後まともに表社会で生きていくことは出来そうにない状況だったので、ミハルやトオルと共に「首都圏要塞化計画」に伴って住む土地を追われた人々や、訳あって表社会で生きる術を失った人々の住まう、通称「地下大帝都」に向かった。地下大帝都から発展する大戦と出逢いと芽生える恋心、そして別れ。奪われた地を、時間を、本来あるはずだった明るい未来を取り戻すべく僕たちは走る。 帝都にて「不死の薬」の実験投与を受け、その後離れ離れとなるシュウヤとミハル。この世界でまだ生きているはずの「老いず、死ぬことの無い」二人の再会を求める、時を超えての物語。

彼女であるサクノが交通事故で意識不明という耳を疑うような知らせを受ける冴えない会社員、御剣アヤト。上司の計らいで少し早く勤務を終え、病院に駆けつけるも知らせ通り、サクノの意識は無い。息がある事だけが幸いだったが、「記憶が二度と戻らないであろうこと」を敢えて伏せて聞かされただけに、後にそれを知った時の失望感は半端なものではなかった。 サクノの意識が戻ることを願いに願い続けた結果なのか、アヤトはサクノと共に過ごす日を夢に見た。しかしそれはまるで自分がアニメやＳＦの登場人物になったかのような突飛な内容。最初は気に留めるでもなかったが、似た内容の夢の続きを何週間も見続ける。