1000年前、魔女と竜に間に契約が結ばれた。 世界の均衡を保つため、強力な力を持つ魔女と竜は２つで１つ、共存していかなければならない。 その契約が結ばれてから1000年後、２人１組のパートナーとして女は魔女に男は竜に、というルールが成立していた。 魔女と竜を育成する唯一の機関、魔法学園。 学園に通う少年がとある少女と出会うことにより物語はゆっくりと動き始める。