民俗学者の黒澤 匳は、頻繁に奇妙な白昼夢をみるようになった。真四角の"箱"のようなものに少女を入れ海に流す、まるで何か儀式のような夢。あたかも幼い自分が当事者として目のあたりにしたような光景。日に日に少女に対して想いが募る匳は夢の正体を突き止めるため手掛かりの一つであり、現在は無人島と化した「箱舟島」へと向かう。そして知ることとなる、島の言い伝えと、少女の正体、そして恐ろしい儀式の正体を...