ロボット技術が発達した未来、ロボット兵器の暴走によって壊滅的な被害を受けた世界はシティと呼ばれる都市国家とそれをまとめる連邦政府が設立された。だが、連邦設立から100年がたち、武装テロリスト「セレクターズ」が新たな脅威となりつつあった。連邦歴116年、プレストシティ海軍はセレクターズの脅威に立ち向かうべく、新しい二人のアンドロイドを開発した。マルスとリョーカはそれぞれの場所で任務を遂行する。
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