主人公、小橋悠斗は兄が突然消息を絶ったのことを心配していた。だがその兄が消えた場所が問題だった。空に浮かぶ人工の島、通称《天空島》。そこにある地球側で唯一の魔法学院での出来事だった。入国審査が厳しい天空島に入ることができなかった悠斗に、ある日魔法学院から入学願書が届いた。

俺は普通の人とは異なっていたが、それを隠してこれまで生きてきた。真実を知る叔母と、俺とで密かに２人で生活してきた。だがそんなとき叔母が突如交通事故で亡くなった。そして叔母は亡くなる直前にある文字を残した・・・『ネメシス』と。この言葉により俺は異世界へとさ迷い始めることとなる

20年前に魔法が発見され、研究されているが何も変わらす祐樹は普通の日常を過ごしていた。 だが数年前から度々『悪夢』にうなされる祐樹。なぜ『悪夢』をみるのか、『悪夢』は何を示しているのか…魔法学院に入ることにより変貌していく