人間発展を標榜し、未来の世界を実現するためのシステムを世界で初めて導入した東京。実験都市として世界から注目を集めるこの都市で、魔法少女に抵抗不能の階級制度を植え付ける力を宿した主人公がいた。そんな主人公を実験、殺害するために送り込まれた異世界転移者たち。主人公を取り巻く日常が崩壊したとき、彼のもとに使者が現れ、下された命令は世界を創り、世界を救え。しかし事態は苦難を極め、様々な思惑で動く組織化された異世界転移者たちが暗躍する。この壊れた現代世界で生き残るために必要なのは洗脳と魔法少女。だが洗脳は彼女たちの尊厳を奪う狂気の力。様々な葛藤にあえぎながらも主人公は光の下で正義を演じ、陰で悪を演じる。たとえ死んでも主人公の言葉一つで蘇り、忠実な犬となり下がる魔法少女たちは、今日も世界を創るための立役者である。

とある目的によって異世界の戦場へと放り込まれた奥村真広と吉野美帆。二人は敵対する二つの国家に分断され、お互いが敵として殺し合う運命となってしまった。真広はフリードリヒ・ヴァルトハイムとして、敵を徹底的に粉砕する『加護』を与えられ、軍の最強部隊の隊長として銃をとる。美帆はアレクシア・アニョルトとして国の姫として転移し、戦争の行く末を見守るが、彼女の通う大学で敵となった真広と遭遇し、彼と再会するために軍に志願した――常識を壊した苛烈な異世界近代戦を戦い抜く二人の男女の物語。

この物語で、少女が「本当の好き」を追い求める。 部活で校内の問題ごとを解決する活動を行っている隼人と葵先輩が過ごす学校は、一見平和そうに見えるが実は悪霊に呪われていた。それを解決するために隼人は動き出す。一方葵先輩は本当の好きを知らなかった、そして誰にも認められず、自己肯定もできない少女であった。そして隼人は、そんな彼女に手を差し伸べた――