すべての文明が荒廃し、自然が腐敗した世界。その世界に人類が作り上げた、唯一かつての先進文明と緑溢れる自然を誇る楽園『シャングリラ』があった。三十年前、突如として開かれ世界荒廃の原因となった不可視の扉『ジゴクモン』を通り、この世とは別の法則を持つ領域『ジゴク』より来訪する謎の敵『オーガ』。この世を汚染するオーガ達を前に、人類の魔術と科学の粋を結集して造られたシャングリラの機動兵器『アーク』が、自らの半身を、神童克魔（シンドウカツマ）を乗せ、黄昏の空に飛翔する……！