先進技術恐怖戦争（テックフォビアウォー）により技術発展が阻害された世界にて、『世界一安全な国』という称号と引き換えに超相互監視社会となった日本。 　人の心を解せない少年・見鹿島（ミカジマ） ハバキは、過密スケジュールの学生生活に嫌気がさし家出する。しかしその先で偶然出会い、友誼を深めた同じ境遇の少女・サヤが誘拐されてしまう。彼女を助けようとした結果、不意を突かれて銃撃されてしまい、命を落としたかに見えたハバキ。 　だが、謎の声に答えることで『ベクトルを任意に加算する異能力』に覚醒し、因果を捻じ曲げた復活を果たす。 　 　絶大なチカラを得たハバキは、それを利用して退屈な人生を楽しむために『怪人アラハバキ』となり、当分のお題目として、ディストピアとなった日本を『壊して作り替える』ことを決める。 　彼が喚ぶ混沌は様々な人間を巻き込み、その運命を狂わせていくこととなる。 　昼は少年、見鹿島 ハバキ。夜は怪人、アラハバキ。社会に馴染めない少年は、社会を壊して生きていく──。

機械（カミ）の元、ヒトは争う――。 二〇三九年。七柱の超巨大ロボット「機神」が地球各地に降臨した。 そのうちの一柱が日本に降臨すると、特殊能力者と謎の新興宗教が突如として現れる。この宗教団体は機神から下賜された兵器を操ることで、瞬く間に日本を支配下へと置き、独裁を敷いた。 そして四年後、二〇四三年。 主人公・伊野穹（イノソラ） カラトは目覚めたチカラ・機械を操る『機械感応（テクノキネシス）』によって、そして自分の両親を殺した幼馴染にして宗教団体「神械結社」の創立者・美空（ミソラ） カイに復讐するため、反抗組織「神籬（ヒモロギ）」と協力し、神械結社と戦っていく。