大学で数学を教える霧上　計(きりがみ　けい)は、車に轢かれ、目を覚ますと木製の人形になっていた。作製者の少女を見守りながら、人間へと近づくべく試行錯誤する。類い稀な数学能力を活かし、様々な困難を乗り越え、大成していく。