かつて全ヨーロッパを震撼させた「魔女狩り」の終息から数百年。その嵐を生き延びた超能力者「魔女」たちは、自衛のための秘密結社を作り、自分たちの抹殺を図る暗殺集団「鉄槌」と闘いを繰り広げていた。 ――現代日本、三浦半島東部の地方都市に位置する「聖陵学園付属中学」に通う主人公の少女・間宮薫は、夏休みの前日、外国人のシスターが運んでいたディスクを誤って家に持ち帰る。しかし、それは薫自身の重大な秘密を記録したものだった。翌日祖父の使いで町外れの屋敷を訪れた薫は、そのシスター・ベルナドットと再会し、彼女の主人であるシャルロットから「友だちとして自分のハーブ・ガーデンに遊びに来てほしい」と誘われる。薫はそれを受けるが、ふたりの正体は薫を結社に迎え入れるという密命を受けて派遣された「魔女」であった。 折しも、学園周辺では怪事件が続発。学園に仕掛けられた爆弾を発見し処分した薫に、シャルロットが真実を告げる。爆弾は、自分を暗殺しようと画策する「鉄槌」の仕業。そしてあなたは自分たちと同じ「魔女」。躊躇いを感じつつも、自らの彼女に対する特別な感情に気づき、薫は組織に加わっていく。しかし、超能力開発の訓練を通じながら急速に親しくなっていくふたりに、主人を愛するベルナドットは冷たい警戒の目を向け始める……。

かつて全ヨーロッパを震撼させた「魔女狩り」の終息から数百年。その嵐を生き延びた超能力者「魔女」たちは、自衛のための秘密結社を作り、自分たちの抹殺を図る暗殺集団「鉄槌」と闘いを繰り広げていた。 ――現代日本、三浦半島東部の地方都市に位置する「聖陵学園付属中学」に通う主人公の少女・間宮薫は、夏休みの前日、外国人のシスターが運んでいたディスクを誤って家に持ち帰る。しかし、それは薫自身の重大な秘密を記録したものだった。翌日祖父の使いで町外れの屋敷を訪れた薫は、そのシスター・ベルナドットと再会し、彼女の主人であるシャルロットから「友だちとして自分のハーブ・ガーデンに遊びに来てほしい」と誘われる。薫はそれを受けるが、ふたりの正体は薫を結社に迎え入れるという密命を受けて派遣された「魔女」であった。 折しも、学園周辺では怪事件が続発。学園に仕掛けられた爆弾を発見し処分した薫に、シャルロットが真実を告げる。爆弾は、自分を暗殺しようと画策する「鉄槌」の仕業。そしてあなたは自分たちと同じ「魔女」。躊躇いを感じつつも、自らの彼女に対する特別な感情に気づき、薫は組織に加わっていく。しかし、超能力開発の訓練を通じながら急速に親しくなっていくふたりに、主人を愛するベルナドットは冷たい警戒の目を向け始める……。