新しい歴、通称新暦が始まって998年。 　逆井柊は紗倉見と呼ばれる国で国民を守る魔導師集団、明け暮れの一員として活動している。 　神様を自称する謎集団が放った気色の悪い生命体アンノウンと戦う日々。 　そんな中でもペアの八声舞木や明け暮れのメンバーとくだらない日常を過ごしていく。

　崩壊していく世界。シェリーは絶望的な今から未来へと飛ばされる。たどり着いた未来では魔法が発展していた。右も左も分からないシェリーは最初に出会った少女、メアリーと共同生活することに。シェリーは魔法を学びながら、あの時に何が起こったのか知る為に。メアリーは研究をしながら、自分に与えられた使命を探す為に。二人は一緒に進んでいく。シェリーとメアリー、二人の魔女の物語が始まる。