時は、西暦20XX年。 人類は、【｜陰蟲(かげむし)】と呼ばれる異常に巨大化した虫達によって壊滅状態にあった。 そんな中、日本では対【陰蟲】兵器として、【｜傀儡(くぐつ)】と呼ばれる操縦式巨大武装兵器を開発した。 【傀儡】は、唯一【陰蟲】を殲滅可能な兵器として、世界中にその技術が広まった。 それから、【傀儡】が完成してから5年後…日本政府が【傀儡】の開発に本格的に取り組み始めた頃。 危険生物特別殲滅隊の新入隊員達の訓練中、自衛隊基地に【陰蟲】が現れ、訓練中の隊員達を襲撃する事件が起こる。 進入隊員では手に負えず、基地は成す術もなく破壊されていく。 そんな時に現れたのは、異様な形をした【傀儡】だった。

滝川高校に入学して来た一年生・呉原儀也(くれはらよしや)は、入学式当日に生徒の半分が行方不明になる事件を目の当たりにする。 儀也を含む残り半分の生徒達は、隣の逆茂木高校に合併される事になった。 この前代未聞の行方不明事件で、唯一無二の親友を無くし、儀也は頭を抱えていた。 そんな中、逆茂木高校では部活の勧誘が行われていた。 ある程度の勧誘は聞き流していた儀也だったが、一人の女子生徒の声に思わず足を止めた。 「行方不明になった人…助けたいと思わない？ 協力してあげる、オカルト研究会に入ってくれるなら…」 この一言に動かされ、儀也はオカルト研究会に足を運ぶ事にした。 淡い期待を胸に、儀也はオカルト研究会の部室を訪れた。 しかし、部室にいたのは部室ではなく、新入生を惨殺する異様な化け物だった…

クラス替えをした日の放課後に入ったばかりの教室で、平々凡々とした逆茂木高校の二年生の主人公・寺岡光輝(てらおかこうき)の前に、現れたクラスメートの女子がこう言った。 「ねえ、並列世界って聞いた事ある？」 この言葉で、突然現れると噂される異空間内に迷い込んだ主人公と他の人間による、未知の生物との生存と脱出を賭けた戦いが始まる。