元ルービックキューブプレイヤーの少年、千里海音（せんり かいと）はある日、謎の金属で構成されたキューブを露店で手に入れる。 家に帰り、キューブを揃えた海音は、起動したキューブから出てきた「自身を天才AI」と称する少女、ホタルと出会う。 「——マスターの認証を確認しました。改めまして、ホタルちゃんは人類存続の為のミッションを受けこの星に送還されました天才AIです！」 突如として知らされる人類滅亡の危機、そしてその正体とは。 海音とホタル、二人の出会いが人類存続の鍵となるのか。