一年目の高校生活を終え、姉貴との二人暮らしにも慣れてきた二年目の夏。突如現れた幽霊少女と共にオカルト研究会を取り巻く騒動に巻き込まれる。日常と非日常の中で、彼は新しい夢を見つけていく。

少女は錬金術師を探していた。おとぎの中の、石を金に変えてしまう錬金術師。自らの価値を奪われ続け、石ころ同然となった少女に残された最後の願い。新たに始まった高校生活の中で、少女はある一人の男と出会う。正しくは……再会する。その男は少女を何に変える存在なのだろうか。