冴えない大学生・高坂圭は、ただ惰性で日々を過ごしていた。だが、ある夏の日──その日常は音を立てて崩れ去る。創造神の介入、突如現れた怪物たち、そして“異能”。混乱の中で目覚めた圭の力は、異質なるもの。「生命神」であった。戸惑いながらも力を振るい、人々を守ろうとした圭は、やがてある“運命”に導かれ、五百年の眠りにつく。そして目覚めた未来、自らが“人類を救った英雄”と呼ばれていることも知らぬまま、再び世界と向き合うことになる──。

突如世界各地に現れた異形の怪物。「それ」は人類が積み重ねてきた文明をいとも簡単に壊していく。理不尽に、無差別に虐殺されていく人類。彼らが絶望していた時、単体で怪物を討伐する少年が現れる。彼は自らを「能力者」と言った。それから世界各地で「能力者」が現れる。彼らは正に、「英雄」であった。 本編舞台はその140年後、西暦2314年の東京での話である。主人公の落ちこぼれ坂林晴隆は、幼なじみのS級ヒーローの黒峰雫と共にエネミーの討伐に向かうも、災害級のエネミーに力及ばず、黒峰雫が限界突破剤を使用してしまう。圧倒的な力でエネミーを討伐したあと、黒峰雫は意識不明の重体に。半年後坂林の目の前で目を覚ますも、彼女は。