西暦2042年、皆既日食の日。人類は突如現れた未知の存在、"Ruin"による攻撃を受け、その勢力を大きく減らすこととなった。 残された数少ない人類は、Ruinと同時に発見された未知のエネルギー"エーテル"を利用し、Ruinに対抗する準備を進めていた。 そして"終末の日"と呼ばれることとなった皆既日食の日から10年経った今、漸く準備が整い、初の大規模作戦『旧東京都奪還作戦』が行われることとなった。 戦うべき敵については誰も知らない。しかし、守るべき物と取り戻すべき世界は、誰もが知っていた。 ――ただ二人の少女を除いて