村の少年、カインはモーリス＝リトルニアという魔術師に魔術師としての才能を見い出され弟子となる。 五年後、十五歳となったカインはモーリスの勧めで王都にあるルートヴィッヒ魔術学院の高等科に入学することとなった。 入学を控えた一ヶ月前、師匠の部屋を掃除していると、上空からドラゴンがやってきた。その時、結界とドラゴンがぶつかった衝撃で棚から薬品が落ちてきて頭から被ってしまう。 頭から被った薬品は性転換ポーションだった。 それからいろいろな事情から女の姿で学院に通うことになるカイン。学院生活に不安を覚えるカインだったが、学院ではカインの想像を超える受難が待ち受けているのだった。 タイトルを『TS系魔術師の受難』から『とある見習い魔術師の受難』に変更しました。