万能の天才と称される博士の遺伝子操作により造られた試験管ベビーであるカフカとノア。だが、出自とは裏腹に博士や研究所にいる人々の教育のおかげで健やかに、そして圧倒的な知力と才能を持ちながら成長していく。しかし、穏やかな時が流れる研究所の外では新たな時代の息吹が芽生え二人に襲い掛かる。AIによる人類統治を唱える思想団体シンセリティ、世界の覇権を狙うアメリカ中国。三者の対立がもたらす変容にカフカとノアも無関係ではいられない。「ただカフカとノアと博士と幸せに暮らしたい」そんな無垢な少女たちの願いは激動の時代の奔流に流され届かない。時代のうねりに飲まれながらも、必死にもがき続けるカフカとノア。これはそんな二人の少女が時代に果てにたどり着くまでの物語。