無人自立駆動兵器「ＡＭＷｓ」の破壊行動により、人間社会に危機感が募る中、日本政府は対ＡＭＷｓ人材養成機関　　　　　「Ａｒｋ(アーク)」　を設立。 そこでは、バイオ・ナノテクノロジーの応用の結果、 一般の人間の身体能力をはるかに上回る人間 　　　　　　　「ADVANCED-アドバンシード-」 を創造した。 その「アドバンシード」の１人、 　　　　　　天羽　幟立《あまのは　しだて》 は最強のアドバンシードを目指す少女 　　　　　　呉坂　紫苑《くれさか　しおん》 と出会った。 紫苑に、半ば無理矢理、彼女の小隊に入れられ、ＡＭＷｓの撃破 任務に奔走する。 次第に明かされてゆくＡＭＷｓの指導者と目的。 進化を続けるＡＭＷｓから、世界を守り通すことはできるのか?