精霊と人が共存する現代日本。精霊召還士を育成する学園で、新入生の神山優一が、魔力を殆ど持たない灰色(モノクローム)の精霊・グレイを喚び出してしまう。個性豊かな同級生や先輩に囲まれ、紆余曲折を経て、次第に周囲に認められていくも、彼らの日常の裏には、世界を揺るがす陰謀が着々と進められていたーー。