近未来日本。１０数年前突然日本中の人間たちに能力が与えられた。それと同じく日本は異質な空間に包まれ、出たり入ったり出来なくなり、外の様子を知ることも出来なくなってしまった。 日本各地で紛争が起こる中、神（シン）と名乗るもの達の圧倒的な力でこの日本を統べた。それから４年後高校生の出雲薫（いずもかおる）は、　菊理媛（くくりひめ）と名乗る少女に出会う