時は、令和18年夏━。十数年前に日本を襲った未曽有の自然災害をきっかけに、東京は“令京“と名称を変更。大きなダメージを受けた日本は、突如表舞台に現れた謎のエリート神官らの活躍によって奇跡の復活を遂げている。そんな時代の中、令京にある特殊な能力を開発する学校「烏伝学館」に通う高校生たちを中心に繰り広げられる摩訶不思議な青春SFストーリー。