いじめられっ子の高校生だった主人公、新条慧(しんじょうけい)はある日、異能に覚醒する。しかし、それを目につけられた彼は最終的に新京都立ガリファロ学園高等部へと転校することとなる…そこでは、異能を持つ者が異能を制御するために異能に関する知識や技術を学ぶ学校だった。 　慧にとってあまり望んでいるような状況ではなかったが、仕方なくその学校で学んでいくことを決める。しかし、彼がその学校で過ごしていく内にある重大な真実を知っていくこととなる…