時は平安末期。末世が近づいたとの人々は、恐怖におののいていた。その理由は、信仰を失い、穢れをまとった神“荒御魂”にあった。荒御魂は炎天、飢餓、疫病、洪水、など様々な害を人々に与え、一晩で一つの村が消えることなど当たり前であった。時の政権を握っていた平清盛は、京都に荒御魂の影響を及ぼすことを恐れ、神祓寮を設立。そこに属する者達にはそれぞれ特徴的な紋が身体上に現れ、神の荒魂を元の和御魂に戻すことを目的としていた。荒ぶる神々を鎮める彼らを人々は“神祓ノ使”とよんだ。

短大の調理科に通う、樹綾女は台湾旅行に行く途中で台風に遭い、気が付くと甲板に引き上げられていた。海賊らしき男たちは綾女の持っていた同人誌に興味を持つ。男たちの話が一段落経った頃、彼らの首領らしき男がやってくる。その顔を見たとたん、綾女は叫んでしまった。 「ヴァ……ヴァン様！」

朝霧恵真はバレー部員であること以外、何の特徴もない普通の女子高校生。そんなある日、いつも使ってる第2体育館が改装されるため、引っ越しの準備を進めていると、あるものを見つけてしまい……。