古来より存在し妖魔の力をその身に宿す妖人(わざびと)。彼らは兼ねてより普通の人間、直人(ただびと)に恐れられ対立していたが、時が経つにつれその存在は一般には忘れられ、空想上のものへと変わっていった。 　しかし、日本各地に人に人ならざる力を与える聖脈が突如現れると、それに呼応するように渋谷で正体不明の異形による大量殺戮が起こる。それまで密かに暮らしていた妖人はその事件の黒幕として扱われ、かつての陰陽師と聖脈の力を得た人々、聖人(ひじりびと）による迫害を受け、再び争いの道を歩むこととなる。 　そんな中で妖人として育った半鬼半人の少女、魅琴(みこと）。妖人と直人との狭間に立つ彼女はこの争いそのものに疑問を抱き、その特殊な境遇に戸惑いながらも、亡き母の遺志に報い、そして共に暮らしてきた仲間を守るために刀を振るうのだった。