2200年代、日本の高校生 明松 有(かがり ゆう)はふとしたことから20世紀の探査機「ボイジャー」に憧れ，宇宙飛行士を目指す。時を同じくして、ブラウン博士は超光速航法開発計画を打ち出すが、あまりに先進的な構想のために異端扱いを受ける…数年後、反発を受けながらも着々と下地を固めていた「オーバー・ザ・ボイジャー」計画が始動する！