現実(いま)よりも、少し未来(さき)。 驚異的な科学技術進化の年『ネオ・イノベーション』から20年後の地球。世界統一政府は、従来の戦車や軍艦、そして戦闘機に代わる無人兵器『無人自立思考型殲滅兵器』通称“アーレス”を開発。だが、突如としてAIファイルインストール中にサーバーがハックされ、自立兵器として無くてはならないもの『味方兵の判別能力』を失ってしまう。起動した後にそれに気付き、修正パッチをインストールをしようとするが、暴走したアーレスにより開発施設は破壊。他施設の仲間を開放し、人類に反旗を翻した…。 日本は世界でいち早くアーレスへの対抗兵器『対機械用人型有人兵器』通称“アテーナー”を開発。実戦投入に向けてパイロットを自衛隊と一般国民から選考することにした。 そんな中、一人の男がパイロットに応募してきた。 「俺あるFPSゲームの世界ランカーだったんですけど、パイロットに応募できますか？」