アルフレア王国に住む高校生エルキドは知力は高いが戦闘が苦手で大嫌い。極力戦闘を避ける生活をしていたが、母グラディアの勧めで、危険な動物の生態調査や駆除を業務とする有害鳥獣管理局で、駆除のバイトをすることになる。グラディアは駆除業、戦闘が好きで嬉々として仕事をするが、エルキドは嫌々行う。後にエルキドが戦闘嫌いなことをグラディアにも理解してもらえ、駆除業からは離れるが、非常に強力な獣「ライオン」と遭遇してしまい、これを退ける。 　グラディアを通じてエルキドは国王であるクリスと知り合う。彼女はエルキドに興味を持ち、さらにその知恵を頼るようになる。 　そんな生活の中エルキドとグラディアは、きわめて特異な能力を持った少年アルと知り合い、アルフレアに迫っている危機を知らされる。