それは1200年も前の話…。
かつて、1人の錬金術師が24本の鍵を創り、それらを12本ずつに分け、この世界のどこかに隠したという伝説がある。
その内22本は発見され、鍵に選ばれた者達の手に渡っていたが、最重要とされる残りの"始まりの鍵"と"終わりの鍵"は未だ見つからず、今なお伝説として語り継がれている…。
玄野 時斗。来月から高校2年生になる彼の想像していた"普通の"高2の青春は始まることなく突如、終わりを告げた。
春休み初日、神と名乗る少年が全世界に「今から1ヶ月後に、この世界を異世界と融合させる」と宣言したからだ。
ある事情で妹と二人暮らしをしながら生活をしている彼は、異世界と融合した世界で妹の命を守れるのか、学校に行けるのか、もしかしたら異世界と現代との間に戦争が起きるかもしれないという様々な不安に駆られる。
気を紛らわそうとコンビニに夜食を買いに出かけた帰り道、時斗は路地裏で気を失って倒れている異色の髪を持ち、この世のものとは思えない服を着た傷だらけの謎の少女を発見する…。
ビル群の間をドラゴンが飛来し、スーツを着たエルフの会社員が地下鉄に乗り、妖精や獣の耳を持つアイドルたちがコンサートを開催する。そんな世界を、ただの平凡で地味でお人好しな高校生が仲間と共に旅する大スケール現代ファンタジー!