某有名大学に通う機械いじりが大好きな男、宮城真縡はある日を境に脳科学に興味を持ちその研究に勤しむようになる。その異常なまでの姿勢から、周りの人からは「脳男」と呼ばれるように。マコトの理論は傍から見れば無茶苦茶なものであったが、大学で知り合った椎名沙奈の力を借りて研究を続けることで世界の真意に近づく。脳に秘められた可能性の力、「ブレインショック」によって彼らの運命は二転三転していく。