西暦2124年、世の中の全てがデータ化され、人々の生活も安泰だった筈だった。《大感染》により世界の9割が影に沈んだ。最後の砦、『東京』。そこで腕に自信のある者たちは「エージェント」となり、光を求めて立ち上がる。