異能者は世界人口で７０％にいたるまで増えた それが意味することは確かな異能者の教育が必要であるということ 実際に教育機関が無かった頃は異能犯罪が増え、犯罪者に怯える人々で溢れかえった 事態を重く見た世界政府は異能者を教育する機関 スキルネイチャースクールを設立することを決意 　 それにより確かに世界での異能犯罪は減少した だが、完全に消し去るまでにはいたらず、教育機関が出来たことにより、犯罪の性質も悪くなった部分もある だが、諦めはしない まだ世界を救う…犯罪者から仲間、大切な人を守りたいと思う人間がいる限りは 　 物語は、日本にあるスキルネイチャースクールに通う少女のような見た目をした落ちこぼれの青年 水樹飛鳥が大切な友人を任務で亡くしてしまった少女 軌条唯と出会うことにより始まる