王国で起こる不可解な連続殺人事件、魔獣化する人間、人々を襲う魔物たち、様々な思惑が絡み合うなか、主人公ノアは魔獣化の謎を追いレムサの街に向かうノア一行だったが、そこに待ち受けていたのは…。　3年後、力を使いこなせるようになったノア。行方不明のエレナを探し、情報を集めるためロスベラへ。　混乱の中、王位についたクロード。体制が整わない中、王国では覇権争いが起こり、新王クロードと伯爵となったバルバロッサがぶつかり勝敗が決す。 　故郷を後にしたノアはルブストの街で情報ギルドと街の闇を暴く。そんな中、街や森にナンギ鳥が現れる事件を解決する？ノア。 　一方、エレナは帝国にあり、帝国の内乱に巻き込まれる。王国・帝国の動乱は聖王国の陰謀だったのか？　そんな中、王国では女王に命じられたクロードがタラートに攻め込む。 ノアはタラート地下遺跡で再び力の存在アフムに出会い、アフムの語るこの世界の成り立ちと連綿と続く戦いの歴史に驚愕する。